Switch(config-if)#switchport mode trunk
Command rejected: An interface whose trunk encapsulation is "Auto" can not be configured to "trunk" mode.
この赤字部分でググれば、「トランクモードでのカプセル方式をキチンと指定してね」ということはわかります。なので、下記青字のいずれかを指定すれば上記のコマンドは設定できるようになります。
Switch(config-if)#switchport trunk encapsulation ?
dot1q Interface uses only 802.1q trunking encapsulation when trunking
isl Interface uses only ISL trunking encapsulation when trunking
negotiate Device will negotiate trunking encapsulation with peer on
interface
下記が設定し終えた内容です。
interface GigabitEthernet0/0
switchport access vlan 816
switchport trunk allowed vlan 2525
switchport trunk encapsulation dot1q
switchport mode trunk
negotiation auto
今回気になっていたのは、show runで「switchport trunk encapsulation dot1q」が表示されていない機種があることでした。(表示されている上記show runはVIRLで確認しています)
結果からすると、2960シリーズはdot1qしかサポートしていないので、
「switchport trunk encapsulation ○○」が設定できないので、表示もされていないということでした。
3560 シリーズ スイッチ データ シートを見ると、
VLAN トランクは、標準ベースの 802.1Q タギングまたは Cisco Inter-Switch Link（ISL; スイッチ間リンク）VLAN アーキテクチャを使用して、任意のポートから作成できます。の記載があるので、ここらへんの機種の違いを理解していませんでしたというお話でした。しばらくすると同じことを調べると思うので備忘録。
参考ページ
・Solved: 2960 will not allow "switchport trunk e... - Cisco Community:
・トランクdot1qの設定: